某电视机厂甲厂生产的“菊花”牌电视机，质量优良，价格适中，售后服务好，深受广大用户欢迎。后该厂的一名技术人员受聘于邻省一家生产“中意”牌电视机的工厂，担任了乙厂的技术副厂长，为扭转乙厂亏损落后的生产局面，乙厂一方面在技术上加大力度进行革新改造，另一方面希望通过改变产品名称打开销路。当得知甲厂的商标还未注册的情况下，便向商标局申请注册了“菊花”牌商标。此后，产品销路大有好转。甲厂得知这一情况后，以该品牌首先是自己创出，先使用为由，要求乙厂停止使用该商标。而乙厂则认为该商标自己已经注册，享有商标专用权，要求甲厂停止使用。为此，双方发生纠纷。本案该如何处理？并说明理由。