民兵连（营）分队指挥员实施灵活指挥的方法是：根据实际情况活用指挥原则。指挥员应对智慧对象深刻了解和对环境情况全面把握的基础上，因敌、因地、因时、因天候（气候）不同，灵活运用指挥原则，正确实施指挥。灵活使用兵力，巧妙变换指挥手段，指挥分队积极主动达成行动目的。