某市烟草专卖局对辖区内X工业企业进行重点检查时收集到如下信息： （1）上级部门下达2010年计划产量为100000万支； （2）运输试制品卷烟50万支，跨区运输到甲地，未开具准运证 （3）企业耗用烟叶定额为8公斤/万支，2010年实际耗用烟叶960吨； （4）企业物资部门负责人王某，将少量报废卷烟纸未经处理销售给收购废品的个体户李某，李某将该批卷烟纸倒卖倒了一下制假窝点； （5）2010年X企业发放给生产车间效益工资72万元，该企业按照产量发放效益工资，发放标准为6元/万支； （6）该企业2010年使用有效码段100000万支，该企业2008年入库卷烟120000万支，库存20000万支卷烟没有打码。 对违规问题怎么进行处理？