财政总预算会计采用专款专用原则，即财政总预算会计对于有指定用途的资金应当按照规定的用途安排使用，并分别进行单独的核算和反映。在财政总预算会计管理的预算资金中，一般预算资金、基金预算资金、国有资本经营预算资金都应当分别进行核算和反映，不能相互混淆。