清洁级小鼠需要控制的病毒指标是淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、汉坦病毒、鼠痘病毒、小鼠肝炎病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、小鼠细小病毒、小鼠脑脊髓炎病毒、小鼠腺病毒及多瘤病毒。