ABC会计师事务所的A注册会计师负责对甲公司2017年度财务报表进行审计。2018年2月15日，A注册会计师完成审计业务，并于5月15日将审计工作底稿归整为最终审计档案。2018年5月20日，A注册会计师意识到甲公司存在舞弊案爆发，A注册会计师擅自销毁了甲公司审计工作底稿。 根据审计工作底稿准则和会计师事务所质量控制准则，回答下列问题： A注册会计师在归整审计档案时是否存在问题，并简要说明理由。