【背景材料】某工程项目，业主与监理单位签订了施工阶段监理合同，与承包方签订了工程施工合同。施工合同规定：设备由业主供应，其他建筑材料由承包方采购。施工过程中，承包方未经监理工程师事先同意，订购了一批钢材，钢材运抵施工现场后，监理工程师进行了检验，检验中监理工程师发现承包方未能提交该批材料的产品合格证、质量保证书和材质化验单，且这批材料外观质量不好。业主经与设计单位商定，对主要装饰石料指定了材质、颜色和样品，并向承包方推荐了厂家，承包方与生产厂家签订了购货合同。厂家将石料按合同采购量送达现场，进场时经检查发现该批材料的颜色有部分不符合要求，监理工程师通知承包方该批材料不得使用。承包方要求厂家将不符合要求的石料退换，厂家要求承包方支付退货运费，承包方不同意支付，厂家要求业主在应付承包方工程款中扣除上述费用。对上述钢材质量问题监理工程师应如何处理？为什么？